Nel 1737, poco prima della morte dell'ultimo Medici e l'avvento della nuova dinastia a capo del granducato, si abolì la carica di Ammiraglio delle galere, ormai ridotte a poche unità ormai vetuste. L'arrivo di Francesco Stefano di Lorena, successore di Giangastone Medici, segnò un cambio drastico nella politica marittima granducale. La politica pacifista perseguita dai Lorena, unita ad una direzione diplomatica di trattati di pace e commercio nei confronti dell'impero ottomano e degli Stati maghrebini, il progresso tecnico delle costruzioni navali che rendeva le galere imbarcazioni ormai superate, costituirono i motivi principali che portarono alla soppressione della squadra stefaniana. Lo stesso motuproprio granducale, emanato dal sovrano il 20 gennaio 1750, ne stabiliva la sostituzione con tre vascelli armati, acquistati a caro prezzo in Inghilterra, e per i quali si organizzò una pomposa spedizione per il Levante, così da far conoscere la nuova squadra toscana «d’une maniere gloriéuse y avantageuse”. I tre vascelli si chiamarono: Aquila, fu il più grande, in riferimento all’aquila imperiale; poi Alerione, in riferimento alla Lorena e Leone, ispirandosi alla Toscana.

Con la fine della squadra delle galere, cessarono definitivamente anche le attività degli arsenali pisani, riconvertiti a stalle dei cavalli del reggimento dei dragoni. La Marina toscana nel 1765 si riduceva ormai a solo quei tre grossi vascelli da guerra. L’anno successivo, si attestano la presenza degli snow “La Rondinella” e l’”Ussaro”, armate di 18 cannoni, di una galeotta da 15 banchi e di due fregate da 32 cannoni costruite a Livorno, segnando il completamento della riconversione della flotta da guerra e l’adozione di sole imbarcazioni a vela. In tutto questo, ai cavalieri stefaniani fu riservato un ruolo assai marginale, mentre il comando della squadra fu assegnato ad inglesi, John Acton in testa. Già nel 1768 i due vascelli “Leone” e “Alerione” furono demoliti senza essere sostituiti, e una fregata venduta perché giudicata poco maneggevole.

Dieci anni più tardi, in virtù di un nuovo regolamento si sancì che la Marina da guerra toscana sarebbe stata costituita da sole quattro imbarcazioni, da distribuirsi tra Livorno e Portoferraio. Alla fine del Settecento, restava solo una galeotta, da sei cannoni e cento uomini d’equipaggio, ed una corvetta, acquistata a Nantes, a diciotto cannoni, abile al trasporto di un equipaggio di 150 marinai.

Il quadro, dipinto da Rubens nel 1623, riproduce con realismo la poppa della galera “REALE”, costruita appositamente per il viaggio della giovane regina da Livorno in Francia, e realizzata completamente nell’arsenale di Pisa.
Per questa rappresentazione l’artista si affidò alla descrizione datane da Michelangelo Buonarroti il Giovane, nipote del grande Michelangelo, ma se ne trovano altre descrizioni nei documenti d’epoca, come quella di Cesare Tinghi:

“Era detta galera bellissima et grande et adornata la poppa con tanto oro e con tanta maestria di cornesci e d’intagli et il cielo con esso di tante gioie che fu cosa la più meravigliosa et di maggior prezo che mai si sia fatto et messa in mare a tempi nostri”.

Si apprezza, in particolare, l’abilità artistica degli intagliatori dell’arsenale pisano, lo sfarzo e l’eleganza delle sue decorazioni. I costi della realizzazione furono, ovviamente, molto alti, superiori alle cifre già esorbitanti registrate nei libri contabili.