L’esatta origine di Pisa, risalente senza dubbio al paleolitico superiore, non è stata ancora accertata storicamente, mentre esistono in merito numerose leggende popolari. L’etimologia del nome resta anch’essa avvolta nelle nebbie della storia: all’origine dalla radice linguistica “pi”, ricorrente per indicare la divinità del sole, si sono affiancate le più svariate ipotesi etimologiche nel tentativo di avvalorare una paternità piuttosto che un’altra.

Secondo alcuni antichi scrittori la città era stata fondata dai Greci, nel periodo più o meno corrispondente alla caduta di Troia (1270 a.C.), ad opera di Pelope, avo di Agamennone e Menelao, sbarcato dopo un lungo viaggio sulle rive dell’Arno e dove aveva fondato, in corrispondenza dell’attuale Piazza delle Vettovaglie, una nuova città con lo stesso nome della patria perduta, la greca Pisa, nella regione dell’Elide, nel Peloponneso. Persino il poeta Virgilio pare confermare questa ricostruzione nel decimo libro dell’Eneide. In greco potrebbe poi significare anche “luogo paludoso” o indicare “costa frastagliata”. Se fosse invece da attribuirsi a un’origine latina, si ricostruirebbe sulla base del significato di “pesi”, riferendosi ai tributi pagati a Roma dalle comunità residenti nella località pisana.

Altri ritengono invece attribuire la nascita del primo nucleo urbano all’espansione lungo il litorale tirrenico dei bellicosi popoli Liguri, intorno al 1000 a.C., quale insediamento per il dominio della pianura pisana. Seguendo questa teoria, il nome Pisa deriverebbe dall’appellativo del pescatore ligure Pise, vissuto intorno al 2000 a.C.

Anche gli Etruschi abitarono la zona, con certezza nel VI secolo a.C. e nella zona di confluenza tra Auser e Arno, contribuendo in maniera determinante all’affermazione della città, come è dimostrato da numerosi ritrovamenti archeologici e dai numerosi cippi funerari reperiti in loco. In etrusco peraltro, “pisa” aveva il significato di bocca, quindi starebbe a determinare la foce dell’Arno.
Ciò che accomuna tutte queste cronache a metà strada tra la storia e il mito, è il legame indissolubile col mare e la vocazione alla navigazione.

Porto pisano, infatti, naturale sbocco al mare per gli Etruschi, ambito avamposto sul Tirreno delle popolazioni liguri, luogo di passaggio obbligato per le rotte verso il Nord Italia e la Gallia per i romani, costituì sempre un punto di riferimento di grande importanza strategica.