L’attività marinara di Pisa fu senza dubbio ininterrotta per tutto il Medioevo. Sono numerose le cronache dell’epoca, in particolare gli Annales Pisani e il Cronicon Pisanum, così pure come i componimenti poetici che, insieme ai testi epigrafici, celebrarono la gloria della città e delle sue imprese. A testimonianza di questo ruolo di primo piano sulla scena mediterranea, vi sono le epigrafi poste sulla facciata della cattedrale pisana a memoria delle vittorie riportate sui Saraceni a Reggio nel 1005, in Sardegna nel 1015-1016, di Bona nel 1034, celebrante la spedizione contro Palermo del 1063, e infine a ricordo dell’impresa delle Baleari (1114-1115).
In seguito, negli anni dello scontro tra pontefice e imperatore, Pisa si schierò a lato di Enrico IV, il quale la ricompensò con un diploma che riconobbe la piena autonomia comunale. Forte di questo nuovo riconoscimento, la città potenziò il proprio sviluppo in direzione del mare, una scelta quasi obbligata per evitare di entrare in conflitto con Lucca e Firenze, sotto la protezione papale. L’espansione pisana nel Mediterraneo giunse ben presto ad entrare in conflitto con gli interessi dei genovesi e portò ai primi dissidi e dal 1066, data della prima incursione ligure su territorio pisano, iniziarono una serie infinita di scaramucce e scontri che proseguiranno fino alla sconfitta pisana del 1284, pur se non mancarono temporanee interruzioni in nome della difesa di interessi comuni.
Si ricordino, ad esempio, l’attacco sferrato contro l’isola di Pantelleria e la città tunisina di El – Mehediya, nel 1087, in alleanza con Amalfi, Gaeta e Genova, tra gli altri; mentre l’anno successivo le due Repubbliche schierarono una flotta di oltre quattrocento navi diretta contro la costa spagnola, che si concluse con l’assedio e la presa di Valenza. Quest’ultima impresa ebbe gran importanza anche perché aprì nuove vie commerciali grazie alle quali i mercanti pisani giunsero sino alle regioni granadina e di Almeria.

Alla fine dell’XI secolo, Pisa poteva a pieno diritto dirsi una delle più grandi potenze del Mediterraneo, forse non la più temuta in assoluto, ma comunque di grande importanza.

I mercanti pisani operarono e mercanteggiarono nelle piazze e nei porti del Mediterraneo per tutto il duecento ed i primi anni del Trecento. Una "diaspora" che fu particolarmente vistosa in Levante, anche se il raggio di azione delle navi pisane si estese dall'Italia meridionale alla Romania all'Africa settentrionale alla Francia meridionale, fino a raggiungere i mercati di Fiandra e di Inghilterra. Le fonti notarili genovesi confermano il ruolo di alcune piazze frequentate dai pisani: Laiazzo, nel golfo di Alessandretta, e Tunisi, forse la connessione più importante dei commerci tra Mediterraneo orientale ed occidentale, e dove i pisani si specializzarono nell'attività finanziaria. Restano inoltre numerose tracce della presenza pisana in molte città mediterranee, soprattutto quelle di maggior interesse commerciale e dove i pisani si installavano con la formazione di propri quartieri e fondachi, propri consoli e dogane, costruendovi chiese di foggia simile a quelle lasciate in patria e architetture urbanistiche indubbiamente vicine a quelle pisane (così come queste ultime si richiamavano talvolta a quelle).