In età medievale, tutte le Marine previdero, nei propri ordinamenti interni, varie pene disciplinari con il fine di assicurarsi un determinato comportamento da parte del personale imbarcato, in particolar modo durante lo stato di guerra e, comunque, in ogni caso di impegno militare in genere. Non solo, la necessità di prescrivere precise norme per i propri equipaggi divenne imprescindibile in tutte le altre occasioni della navigazione, sia durante il servizio sulle imbarcazioni che nei periodi di sbarco in terraferma. Ne costituiscono un esempio significativo gli ordinamenti aggiunti al Breve dell’Ordine del mare come previsto negli antichi Statuti Pisani, nei quali si sanciva la pena di morte per quanti, al segnale di battaglia, non si fosse lanciato all’assalto del nemico, mentre la confisca dei beni e la prigione erano assicurate per coloro che non avessero obbedito all’ordine di ritirata.

In particolare, la disciplina a bordo delle navi pisane, nel corso del Trecento, era affidata ai correctores marinarium, mentre per ogni tipo di mancanza era prevista una punizione, che poteva essere diminuita o aumentata a giudizio del capitano. Le infrazioni più frequenti erano la bestemmia e il turpiloquio, punite con la multa di 5 lire. Il furto era punito con la fustigazione, inferta lungo tutto il corridoio centrale, da prua a poppa. Per rissa, percosse e ferimenti era prevista una multa da 1 a 10 lier, a seconda della gravità del crimine. Per l'omicidio la pena era la decapitazione. Per gli insulti ci si affidava al giudizio del capitano. Chi era sorpreso a giocare a dadi (ludum zardi), sia sulla nave che a terra, veniva multato di 5 lire e in più il capitano costringeva il vincitore a restituire al perdente tutta la cifra. Le multe dovevano essere ritirate dagli scribani o dai massari, ai quali spettavano 12 denari per ogni lira di multa.
Gli unici premi previsti per l'equipaggio erano in relazione alle battaglie: prima di un arrembaggio il capitano poteva promettere una cifra in regalo al primo che fosse salito sulla nave nemica. A questo fine egli faceva suonare la tromba e poi gridava la sua promessa; una volta a terra i consoli dell'Ordine del mare erano obbligati a sborsare la cifra stabilita, qualunque essa fosse.
Quando poi venivano catturate delle navi di pirati, contro di loro il capitano poteva procedere a suo giudizio, subito e senza processo, oppure trasportandoli a Pisa e affidandoli agli ufficiali del Comune. Delle merci trovate sulle navi dei pirati, spettava alla ciurma tutto ciò che stava in coperta: ognuno prendeva più che poteva. Per il resto la metà andava al Comune di Pisa, tramite un funzionario apposito, un ottavo all'ammiraglio, un ottavo ai capitani, un ottavo agli altri ufficiali, un'ottavo all'Opera della chiesa di San Ranieri di Pisa.