Pisa in età medicea continuò a svolgere, per precisa volontà granducale, il suo ruolo di piazza commerciale, mentre anche Livorno vide progressivamente la sua affermazione di scalo commerciale. Entrambi i centri costituivano un sistema ben strutturato teso a servire i traffici mercantili del Granducato, sia in entrata che in uscita.

L’attività cantieristica, nonostante l’arsenale divenisse progressivamente sempre più isolato dalla vita della città, e la navigazione, pur se praticata soprattutto sull’Arno, restarono vitali almeno fino alla fine del Seicento, mentre una prova della vivacità economica dell’urbe pisana è dimostrata soprattutto dall’attività dei mercanti locali all’estero.

Accanto a queste connotazioni commerciali ed imprenditoriali, Pisa divenne un luogo di riferimento fondamentale anche da un punto di vista politico, per esser stata scelta quale sede dell’Ordine dei cavalieri di Santo Stefano, Ordine cavalleresco dotato di una propria squadra di galere e di un corpo scelto di ufficiali, e voluto da Cosimo I al fine di affermare con forza la propria presenza sulle rotte del Mediterraneo.