Sono degni di particolare attenzione alcuni trofei di guerra, e specialmente quelli che costituiscono la maggior collezione esistente di fiamme e stendardi barbareschi, sottratte ai Turchi dal 1571 al 1692, in seta e in lana.
Ad esempio, si conservano le fiamme di combattimento della nave ammiraglia Alì Pascià conquistata durante la battaglia di Lepanto, tutta azzurra e bianca, decorata a stelle e mezzelune e al centro il simbolo del doppio triangolo intrecciato; e la fiamma della Padrona di Biserta - ricca di fregi rossi e celesti, in una cornice a scacchi bianchi e rossi - conquistata, assieme alla nave, nel 1675 dall'ammiraglio Camillo Guidi, presso il canale di Piombino. Vi sono poi altre splendide bandiere di lana e di seta, per un totale di 120.
Alcune portano iscrizioni in arabo raffiguranti citazioni coraniche quali:
Allah è grande e Maometto comanda;
Allah cancella il male fatto e da farsi;
Allah aiuta;
Allah ti aiuterà presto;
Allah aprirà la porta per te;
Sopra la luna, Allah.

Al momento del rientro al porto, di ritorno da una campagna di corso, le galere segnalavano il proprio arrivo e l’ammontare del bottino fatto con un certo numero di colpi di cannone. Era un momento di particolare allegria tanto per gli equipaggi che per la gente del porto, perché molti avrebbero potuto prender parte alla spartizione delle ricchezze saccheggiate altrove (fossero questi oggetti preziosi o prede vive destinate alla schiavitù). Generalmente spettava un premio speciale a colui che aveva in qualche modo reso possibile impossessarsi del bottino, o con l'avvistamento dell’imbarcazione nemica, o per esser stato il primo a salire a borda all’arrembaggio, o ancora per essersi distinto nella battaglia. Occorreva poi detrarre le spese per deporre il carico, trasportarlo a ricovero nel magazzino e quindi eseguire tutte le valutazioni e misurazioni necessarie alla vendita, in genere effettuata con un’asta pubblica. Quindi si procedeva alla divisione dell’utile netto, opportunamente ripartito secondo uno specifico regolamento tra ufficiali e gli altri membri dell’equipaggio, mentre un’ultima parte era garantita alle casse dell’Ordine stefaniano.
Si conservano ancora innumerevoli trofei di guerra, una buona parte di quanti ricordati nel "Libro delle Prede", originariamente conservato presso l'Archivio di Stato di Pisa ma andato perduto a seguito delle vicende belliche del XX secolo.
Restano però fortunatamente alcune annotazioni di quell’antico registro, in parte pubblicate in riviste di storia specializzate, e dalle quali vale la pena ricordare almeno l’elenco delle imbarcazioni che furono sottratte all’avversario (per lo più trattatasi di barbareschi) durante il periodo più intenso della guerra di corsa condotta dagli stefaniani, cioè dal 1580 al 1610.
Elenco delle galee prese dai cavalieri di Santo Stefano:
1568 - due galere alle bocche di Bonifazio al corsaro Caraccialì
1569 - due galere barbaresche tra Montecristo e il Giglio
1572 - la galea Capitano del pirata Barbarossa
1579 - due galee turchesche alla Favignana
1586 - la galea di Simain Rais, presso le spiaggie di Piglia, vicino a Paola
1588 - la galea di Mamet Rais
" - una galera barbaresca alla Favignana
1599 - la galea capitana detta Bascià
1602 - la Capitana e la Padrona d'Alessandria, la Capitana e la Padrona di Napoli di Romania
1604 - una galea di Tunisi alle bocche di Bonifazio
1606 - la Padrona di Biserta, nel mare di Sicilia
1613 - due galee della Guardia di Cirpo, nel porto d'Agrimano
1615 - la Capitana di Assan Mariolo
1616 - la Capitana e la Padrona di Amurat Rais nelle acque di Negroponte
1619 - la galea di Mustafà Bassà sotto la fortezza di Schiatti
1620 - la Capitana di Biserta a Lampedusa
1623 - la Capitana di Negroponte a Capo Colonne
1629 - la Capitana e la Padrona di Biserta alla Tavolara
1635 - la Capitana di Scio allo Zembalo
1675 - la Padrona di Biserta nel canale di Piombino
- dal 1577 al 1665 si presero poi 32 galeotte,
- dal 1563 al 1688 si presero 238 vascelli di vario tipo e tonnellaggio